體外蛋白表達(dá)試劑盒憑借操作便捷、耗時(shí)短、適用性廣的優(yōu)勢，成為分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)、蛋白功能研究、抗體制備等場景的常用工具。但實(shí)驗(yàn)過程中，受樣本質(zhì)量、操作細(xì)節(jié)、反應(yīng)條件等因素影響，易出現(xiàn)表達(dá)量低、蛋白不溶、降解、無目標(biāo)條帶等問題。本文針對試劑盒使用中的核心痛點(diǎn)，提供具體排查思路與解決方案，幫助實(shí)驗(yàn)人員高效解決問題、提升實(shí)驗(yàn)成功率。
 

　　一、核心問題：無目標(biāo)蛋白條帶(Western Blot 未檢測到目標(biāo)蛋白)
 

　　可能原因
 

　　模板 DNA 存在缺陷(如序列錯(cuò)誤、無啟動子 / 終止子、質(zhì)粒濃度過低或污染)；
 

　　反應(yīng)體系配比錯(cuò)誤(如酶、底物、緩沖液用量偏差，或未添加必要輔助因子)；
 

　　反應(yīng)條件不當(dāng)(溫度過高 / 過低、孵育時(shí)間不足，影響轉(zhuǎn)錄 / 翻譯效率)；
 

　　檢測方法靈敏度不足(如抗體特異性差、蛋白上樣量不夠、顯色條件不合適)；
 

　　試劑盒組件失效(如酶活性降低、底物降解，或試劑儲存不當(dāng)導(dǎo)致失效)。
 

　　解決方案
 

　　驗(yàn)證模板 DNA 質(zhì)量：
 

　　用 Nanodrop 檢測質(zhì)粒濃度(推薦濃度≥50ng/μL)和純度(A260/A280 比值 1.8-2.0)，排除 RNA、蛋白污染；
 

　　通過瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證質(zhì)粒完整性，避免斷裂或降解；若序列存疑，可進(jìn)行測序確認(rèn)啟動子、目標(biāo)基因閱讀框正確。
 

　　規(guī)范反應(yīng)體系配制：
 

　　嚴(yán)格按照試劑盒說明書比例添加各組分(酶、模板 DNA、氨基酸混合物、緩沖液等)，避免漏加或過量(如酶過量可能導(dǎo)致非特異性反應(yīng)，模板過多易引發(fā)抑制效應(yīng))；
 

　　配制過程在冰上操作，避免組件(尤其是酶)長時(shí)間暴露在室溫下失活；混合時(shí)輕柔吹打，避免劇烈震蕩導(dǎo)致 DNA 斷裂或酶活性受損。
 

　　優(yōu)化反應(yīng)條件：
 

　　核對試劑盒推薦反應(yīng)溫度(原核體外表達(dá)常用 37℃，真核體外表達(dá)常用 30℃)，避免溫度偏差；
 

　　延長孵育時(shí)間(如從 2h 延長至 4-6h，根據(jù)試劑盒說明調(diào)整，避免過度孵育導(dǎo)致蛋白降解)；
 

　　若為真核體外表達(dá)體系，檢查是否添加必要的輔助因子(如 SRP、信號肽酶)，確保翻譯過程完整。
 

　　提升檢測靈敏度：
 

　　更換特異性更高的一抗(優(yōu)先選擇針對目標(biāo)蛋白抗原表位的單克隆抗體)，優(yōu)化抗體稀釋比例(如 1:1000-1:5000)；
 

　　增加上樣量(如從 20μg 提升至 50μg 總蛋白)，或采用更靈敏的檢測方法(如 ECL 化學(xué)發(fā)光法替代 DAB 顯色，或使用熒光標(biāo)記抗體)；
 

　　檢測前用陽性對照(試劑盒自帶或已知有效模板)驗(yàn)證檢測系統(tǒng)是否正常。
 

　　排查試劑盒有效性：
 

　　檢查試劑盒儲存條件(通常需 - 20℃避光保存，避免反復(fù)凍融)，若試劑出現(xiàn)渾濁、沉淀，可能已失效；
 

　　用試劑盒自帶的陽性對照模板進(jìn)行平行實(shí)驗(yàn)，若陽性對照也無條帶，說明試劑盒組件(如酶、底物)失效，需更換試劑盒。
 

　　二、核心問題：蛋白表達(dá)量過低
 

　　可能原因
 

　　模板 DNA 拷貝數(shù)不足或啟動子效率低；
 

　　反應(yīng)體系中存在抑制因子(如模板中的 EDTA、酚類污染物)；
 

　　氨基酸混合物濃度不足，或缺乏稀有密碼子對應(yīng)的氨基酸；
 

　　反應(yīng)溫度、pH 值偏離最優(yōu)范圍，影響酶活性；
 

　　蛋白本身結(jié)構(gòu)復(fù)雜(如含跨膜域、多聚體)，不易表達(dá)。
 

　　解決方案
 

　　提高模板有效性：
 

　　濃縮質(zhì)粒 DNA(通過乙醇沉淀或超濾濃縮)，確保反應(yīng)體系中模板濃度達(dá)到試劑盒推薦上限(如 100ng/μL)；
 

　　若目標(biāo)基因含弱啟動子，可更換含強(qiáng)啟動子(如 T7、SP6)的表達(dá)載體，或在模板中添加增強(qiáng)子序列。
 

　　去除反應(yīng)抑制因子：
 

　　若模板 DNA 提取過程中可能殘留 EDTA(抑制酶活性)，可加入少量 Mg²?(終濃度 1-5mM，根據(jù)試劑盒緩沖液成分調(diào)整)中和；
 

　　對疑似污染的模板，用酚 - 氯仿抽提 + 乙醇沉淀法純化，去除蛋白、酚類等污染物。
 

　　優(yōu)化反應(yīng)底物與輔助因子：
 

　　補(bǔ)充氨基酸混合物(若試劑盒允許，可額外添加目標(biāo)蛋白富含的氨基酸，或稀有密碼子對應(yīng)的氨基酸)；
 

　　加入能量再生系統(tǒng)(如添加 ATP、GTP、磷酸肌酸和磷酸肌酸激酶)，維持反應(yīng)體系中能量供應(yīng)，延長有效反應(yīng)時(shí)間。
 

　　精準(zhǔn)控制反應(yīng)條件：
 

　　嚴(yán)格遵循試劑盒推薦的反應(yīng)溫度和 pH 值(緩沖液 pH 通常為 7.4-8.0)，避免溫度波動；
 

　　對于易降解的蛋白，可在反應(yīng)體系中添加適量 RNase 抑制劑(防止 mRNA 降解)和蛋白酶抑制劑(如 PMSF、EDTA)。
 

　　適配蛋白結(jié)構(gòu)特性：
 

　　若目標(biāo)蛋白含跨膜域或疏水區(qū)域，可在反應(yīng)體系中添加去垢劑(如 Triton X-100、CHAPS，終濃度 0.1%-0.5%)，提高溶解性；
 

　　選擇適合的表達(dá)系統(tǒng)(如原核試劑盒適用于小分子可溶性蛋白，真核試劑盒適用于復(fù)雜結(jié)構(gòu)蛋白)，避免系統(tǒng)與蛋白特性不匹配。
 

　　三、核心問題：表達(dá)的蛋白不溶(形成包涵體)
 

　　可能原因
 

　　蛋白表達(dá)速度過快，折疊不充分，導(dǎo)致疏水基團(tuán)暴露聚集；
 

　　反應(yīng)體系中缺乏助折疊因子(如分子伴侶、二硫鍵異構(gòu)酶)；
 

　　蛋白本身疏水性強(qiáng)(如跨膜蛋白、膜結(jié)合蛋白)；
 

　　反應(yīng)溫度過高，加速蛋白聚集。
 

　　解決方案
 

　　降低表達(dá)速度，促進(jìn)蛋白折疊：
 

　　降低反應(yīng)溫度(如原核體系從 37℃降至 30℃，真核體系從 30℃降至 25℃)，延長孵育時(shí)間(如從 4h 延長至 6-8h)，給蛋白充足折疊時(shí)間；
 

　　減少模板 DNA 用量(降低表達(dá)效率，避免蛋白過量堆積)，或縮短孵育時(shí)間(如從 3h 減至 2h)，控制蛋白合成速度。
 

　　添加助折疊相關(guān)試劑：
 

　　在反應(yīng)體系中加入分子伴侶(如 GroEL/GroES、DnaK)或二硫鍵異構(gòu)酶(PDI)，幫助蛋白正確折疊；
 

　　添加折疊緩沖成分(如甘油、蔗糖，終濃度 5%-10%)，增加體系滲透壓，抑制蛋白聚集；對含二硫鍵的蛋白，可添加氧化還原對(如 GSH/GSSG)，促進(jìn)二硫鍵形成。
 

　　改善蛋白溶解性：
 

　　選擇含增溶成分的試劑盒(如添加溫和去垢劑、促溶標(biāo)簽的試劑盒)；
 

　　反應(yīng)后用溫和的去垢劑(如 NP-40、Tween-20)或低鹽緩沖液溶解蛋白，避免使用高濃度強(qiáng)變性劑(如 8M 尿素)，防止蛋白失活。
 

　　優(yōu)化目標(biāo)蛋白序列(實(shí)驗(yàn)前調(diào)整)：
 

　　若實(shí)驗(yàn)允許，可在目標(biāo)蛋白 N 端或 C 端添加可溶性標(biāo)簽(如 GST、MBP、His?)，提升溶解性；
 

　　去除目標(biāo)蛋白中不必要的疏水跨膜域(若不影響蛋白功能)，降低聚集風(fēng)險(xiǎn)。
 

　　四、核心問題：目標(biāo)蛋白降解(Western Blot 出現(xiàn)多條雜帶或條帶分子量偏小)
 

　　可能原因
 

　　反應(yīng)體系中存在蛋白酶污染(如樣本殘留蛋白酶，或試劑盒試劑污染)；
 

　　孵育時(shí)間過長，蛋白自然降解；
 

　　反應(yīng)溫度過高，加速蛋白酶活性或蛋白自身降解；
 

　　蛋白本身穩(wěn)定性差(如含易水解位點(diǎn))。
 

　　解決方案
 

　　抑制蛋白酶活性：
 

　　在反應(yīng)體系中添加廣譜蛋白酶抑制劑混合物(如 PMSF、亮抑酶肽、抑肽酶)，避免蛋白被降解；
 

　　確保所有實(shí)驗(yàn)耗材(離心管、槍頭)無蛋白酶污染，必要時(shí)用 DEPC 水處理或高溫滅菌。
 

　　控制反應(yīng)時(shí)間與溫度：
 

　　縮短孵育時(shí)間，在蛋白表達(dá)量達(dá)到峰值時(shí)終止反應(yīng)(可通過時(shí)間梯度實(shí)驗(yàn)確定最佳終止時(shí)間，如 1h、2h、4h 取樣檢測)；
 

　　降低反應(yīng)溫度(如 25-30℃)，減少蛋白降解速率。
 

　　優(yōu)化蛋白保存條件：
 

　　反應(yīng)結(jié)束后，立即將樣品置于冰上，或快速冷凍(-80℃)保存，避免室溫放置導(dǎo)致降解；
 

　　若需后續(xù)處理，可將蛋白溶于含抑制劑的緩沖液中，分裝保存，避免反復(fù)凍融。
 

　　提升蛋白自身穩(wěn)定性：
 

　　在反應(yīng)體系或保存緩沖液中添加穩(wěn)定劑(如 BSA、甘油、EDTA)，保護(hù)蛋白結(jié)構(gòu)；
 

　　若蛋白含易降解位點(diǎn)，可通過定點(diǎn)突變修飾，或與穩(wěn)定性標(biāo)簽(如 SUMO)融合表達(dá)。
 

　　五、核心問題：背景雜帶過多(Western Blot 檢測時(shí)非特異性條帶明顯)
 

　　可能原因
 

　　模板 DNA 存在非特異性轉(zhuǎn)錄(如啟動子滲漏、基因片段插入方向錯(cuò)誤)；
 

　　試劑盒中酶存在非特異性活性(如 RNA 聚合酶非特異性結(jié)合模板)；
 

　　檢測用抗體特異性差，與雜蛋白交叉反應(yīng)；
 

　　反應(yīng)體系中蛋白濃度過高，導(dǎo)致上樣后信號溢出。
 

　　解決方案
 

　　優(yōu)化模板與反應(yīng)特異性：
 

　　驗(yàn)證目標(biāo)基因在載體中的插入方向，確保啟動子與基因閱讀框一致，避免反向轉(zhuǎn)錄；
 

　　減少模板 DNA 用量，降低非特異性轉(zhuǎn)錄概率；或在反應(yīng)體系中添加特異性抑制劑(如針對非目標(biāo)啟動子的抑制因子，需根據(jù)試劑盒類型選擇)。
 

　　提升抗體特異性：
 

　　更換高特異性抗體(如針對目標(biāo)蛋白獨(dú)特表位的抗體)，或?qū)贵w進(jìn)行親和純化；
 

　　優(yōu)化抗體孵育條件(如提高一抗稀釋比例、延長封閉時(shí)間、增加洗膜次數(shù))，減少非特異性結(jié)合。
 

　　調(diào)整上樣與檢測參數(shù)：
 

　　減少上樣量(如從 50μg 降至 20μg)，避免信號飽和導(dǎo)致的背景干擾；
 

　　降低顯色時(shí)間(如 ECL 顯色從 5min 減至 1-2min)，或使用低背景顯色底物，提升條帶清晰度。
 

　　總結(jié)
 

　　體外蛋白表達(dá)試劑盒的實(shí)驗(yàn)問題多與 “模板質(zhì)量、反應(yīng)條件、操作規(guī)范、檢測方法” 相關(guān)。解決問題的核心邏輯是：先通過對照實(shí)驗(yàn)(陽性對照、陰性對照)定位問題環(huán)節(jié)(如模板、反應(yīng)體系、檢測系統(tǒng))，再針對可能原因逐一排查，優(yōu)先優(yōu)化操作細(xì)節(jié)和反應(yīng)條件，再考慮模板或試劑盒本身的問題。通過規(guī)范實(shí)驗(yàn)流程、精準(zhǔn)控制反應(yīng)參數(shù)、適配蛋白特性，可有效減少常見問題，提升蛋白表達(dá)的成功率和穩(wěn)定性，滿足后續(xù)實(shí)驗(yàn)需求。